さきゅばすのReadmeの通り、最新のJREをダウンロードしてきます。私の時は、Java Runtime Environment (JRE) 6 (11.Dec.06)でした。
保存したAVIファイルがWMPで映像がでない場合は、コーデックが入れていないのが原因ですね。足りないコーデックを調べるには、「MMname2」というソフトを導入しましょう。最新は2007/01/07版インストーラ付きです。足りないコーデックがDivXの場合は、DivXのサイトから無料版をダウンロードして、インストール中に、コンポーネントを選択できるので、「DivX Codec」の「DivX Codec 6.8.0」のみチェックを入れてインストールします。OSを再起動したら、コーデックが有効になり、見れなかった動画が見られるようになります。
FFmpegの設定に凝るのもよいかもしれませんが、PC用には「[PC][ 4：3]デフォルト設定」、iPod touch用には「[iPod][ 4：3]」用でよいかと。
このソフトは1回に複数の動画を処理できないので、バッチ処理が便利です。auto.batファイルがあらかじめ用意されているので、このファイルをメモ帳などで編集します。編集後auto.batを実行すれば、勝手に動画を落として、デフォルトの動画設定に変換してくれます。その後は、動画もコメントも落ちているので、自分の必要な動画設定に変換してあげるだけでオッケイです。その際は、URL/IDには「http://www.nicovideo.jp/watch/sm????」（？に該当IDを入れる）、動画をダウンロードするとコメントをダウンロードするのチェックを外して、変換ボタンを押します。動画がないとか言われたら、保存先のフォルダーにきちんと入っているか確認しましょう。
別の方法で落としてきた動画でも、ファイル名の最初に「[sm??????]」を付ければ動画として使えるので、コメントだけダウンロードすればオッケイです。